封建王朝都是十分地重視漕運(yùn)，隋唐之后，尤為凸顯。各朝各代都在漕運(yùn)節(jié)點的淮安，設(shè)立相應(yīng)的漕運(yùn)管理專署機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)漕運(yùn)事務(wù)。秦滅亡后，漢便設(shè)置了水衡都尉和都水丞；晉、隋之間，雖然沒有固定的漕運(yùn)官職，但仍然是由朝廷的大員在兼任。唐朝在工部尚書下面，就有一個水部郎中，以及一名員外郎來負(fù)責(zé)漕運(yùn)之事。
到宋朝建國之后，便開始設(shè)置各種轉(zhuǎn)運(yùn)使。熙寧初年間，朝廷還專設(shè)了幾路漕臣，來負(fù)責(zé)漕運(yùn)工作。元朝，雖然是蒙古民族一統(tǒng)華夏的時代，但是漕運(yùn)仍然是王朝的重中之重。從元世祖中統(tǒng)二年（1261）設(shè)立軍儲所，并改設(shè)漕運(yùn)所；再到至元年間改漕運(yùn)司，后再改都漕運(yùn)司，直到至元十九年（1282）正式改為京畿都運(yùn)使，二十四年（1287）還內(nèi)外分設(shè)了兩運(yùn)司，可見歷朝對于漕運(yùn)的重視程度。
漕運(yùn)總督是明朝設(shè)立的一個重要官職，在景泰二年（1451）時，都察院右僉都御史王竑被任命為授任漕運(yùn)總督，從此文官開始理漕，一改從永樂年間起漕運(yùn)總兵全權(quán)負(fù)責(zé)漕運(yùn)事務(wù)的局面，這也表現(xiàn)出漕運(yùn)大政在明王朝的統(tǒng)治過程中，越來越重要，也更加受到朝廷的重視。
兩位具有同等政治地位、同級別、做同種工作的官員同時存在，且同駐一城，這個在歷史上是不多見的。但是他們一個是文官，一個是武職，實際上還是有其不同的分工之處的。
兩種負(fù)責(zé)漕運(yùn)的官職并存，顯然說明了這項工作的重要性。而在相關(guān)于漕運(yùn)的重要問題上，皇帝會向同時向他們二人下達(dá)旨意。
當(dāng)然在最初設(shè)立總督的時期，因為歷史原因，在上奏皇上的一些文書中，漕運(yùn)總兵的署名是在漕運(yùn)總督前面的。但是緊隨時間的推移，這種署名方式也不再固定，漕運(yùn)總督的名諱也會落款在漕運(yùn)總兵名字的前面，這有可能和當(dāng)時在職的漕運(yùn)總督和漕運(yùn)總兵官的年紀(jì)、資歷、官銜有關(guān)。
在每年的年初時，漕運(yùn)總督會去巡視揚(yáng)州，順即處理瓜洲和淮安漕船過閘通行的事宜，漕運(yùn)總兵則到徐州督管漕船安全渡過百步洪、徐州洪等，督管“過洪入閘”也是漕運(yùn)總兵的重要工作任務(wù)之一，然后與漕運(yùn)參將“管押赴京”。
其他部門的工作人員也都各司其責(zé)，為漕運(yùn)通行進(jìn)行著后勤保障工作。漕船只要經(jīng)淮安北上，至徐州過呂梁洪等處，從巡撫到河道，以及漕司必須逐一向上奏報。
漕運(yùn)總督是簡稱，其官職全稱在不同的時期，因為官銜的累加和職權(quán)的擴(kuò)大或減少而有所不同，但是作為一名封疆大吏，總督之責(zé)兼巡撫職能，成為他的主要工作，例如：
景泰二年（1451）時，王竑授任首任漕運(yùn)總督時，總督全稱為“總督漕運(yùn)，巡撫淮安、揚(yáng)州、廬州三府并徐、和二州”。
景泰三年（1452）鳳陽歸屬，總督的全稱又為“總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽、淮安、揚(yáng)州、廬州、并徐、滁、和府州地方”。
成化元年（1465），應(yīng)天巡撫所屬的安慶府來屬，此時的全稱為“總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽、淮安、揚(yáng)州、廬州、安慶并徐、滁、和府州地方”。成化四年（1468），安慶府回屬，職銜又恢復(fù)。
嘉靖三十二年（1553），總督兼理海防，總督職銜全稱即為“總督漕運(yùn)，巡撫鳳陽、淮安、揚(yáng)州、廬州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。
嘉靖四十年（1561）時，漕運(yùn)總督開始提督江北四府三州軍務(wù)，職銜的全稱也立即增為“總督漕運(yùn)，提督軍務(wù)，巡撫鳳陽、淮安、揚(yáng)州、廬州、并徐、滁、和府州地方，兼理海防”。
當(dāng)然，巡撫職責(zé)也會被裁撤，而且是多次。要么直接由漕運(yùn)總督向皇帝申請，希望減少漕運(yùn)公務(wù)外的繁忙兼理，要么朝廷根據(jù)自己的安排進(jìn)行分設(shè)或者裁革。
如在天順元年（1457）漕撫分設(shè)，天順七年（1463）又復(fù)舊制；成化八年（1472）漕撫分設(shè)，成化九年（1473）又復(fù)舊制。正德二年（1507），朝廷直接裁革了鳳陽巡撫一職，正德五年（1510）又恢復(fù)了鳳陽巡撫，職責(zé)仍歸漕運(yùn)總督。正德十三年（1518）漕撫又分設(shè)，正德十六年（1521）又復(fù)舊制；嘉靖三十六年（1557）再漕撫分設(shè)，嘉靖四十年（1561）仍復(fù)舊制；萬歷二十六年（1598）漕撫分設(shè)后，在萬歷三十年（1602）復(fù)舊制后，便不再有改動。從萬歷五年（1577）起，因為河道總督的裁撤，漕運(yùn)總督還總理河道，這讓漕運(yùn)總督在萬歷七年（1579）之時，正式的加上了兼管河道的官銜。當(dāng)然，在萬歷十五年（1587）河道總督復(fù)設(shè)，漕運(yùn)總督便不再兼管河道了。
不過這些職銜僅僅是總督的相關(guān)職銜，其他諸如都察院御史、侍郎、尚書的官銜，就只能因為各人任職的不同而不同了。
明朝漕運(yùn)總督的任免工作，朝廷都會再三進(jìn)行考慮，并對人選進(jìn)行定奪。如果總督的職務(wù)開始空缺，朝廷會首先從吏部的候選官員中進(jìn)行選擇。一般情況下，吏部進(jìn)行漕運(yùn)總督人事安排的時候，都要向皇上推舉兩份候選人的名單，并且陳述推薦任職的理由，來讓皇帝進(jìn)行合理的選擇。
如果是皇上一口否決了候選的官員名單，吏部會重新給皇上呈上新的被推舉人名單。但也有的時候，皇上否決名單后，吏部只重新呈上了一份被推舉人名單，其中仍然附帶一份已經(jīng)讓皇上抉擇過的人選名單。
或許吏部會將這名再次被推薦官員的任職理由陳述，寫的比較具體，而且官員本身的能力確實比較適合上任漕運(yùn)總督一職，所以皇上也不免會重新的去認(rèn)同吏部的推薦。
漕運(yùn)總督官職，在明朝是沒有品級，通常都會被認(rèn)為是低于尚書的級別�？偠降钠分�，則是看這位總督本身官銜的大小，比如通常以都察院左都御史任職的，就是二品官。
不過在實際操作中，漕運(yùn)總督在和各部的尚書日常工作交往中，公文用“咨”，而不是“呈”，可見他們是處于相同地位的，而且在開展相關(guān)主要工作的時候，漕運(yùn)總督都是直接向皇帝負(fù)責(zé)的，一些重要的工作匯報和請示，都會當(dāng)面進(jìn)行。而皇帝也會直接給予總督一些批復(fù)，所以總督和尚書之間，通常很少有工作聯(lián)系。
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