漕運的有效實施，關系到江山社稷，所以在清廷開始施政之初，同樣在淮安設立負責漕運的官署。而和明朝早期還有一位漕運總兵駐扎在淮安與總督同理漕事不同，自萬歷年間裁撤漕運總兵之后，清朝也再也沒有設立過類似的官職。
清朝的漕運官制基本是延續(xù)明制，并以總督為核心，全面負責各個省的糧食儲備、漕糧轉(zhuǎn)運之事，確保萬無一失的將漕糧送抵京城。與前明有所不同的是，明朝總督的品秩并沒有被確立和規(guī)范化，而清朝明確了總督的官階品級。
在清朝，總督的官職應為從一品，掌厘治、軍民、綜制、文武，察舉、官吏、修飭、封疆，標下有副將、參將等官。乾隆十八年（1753）起，又以漕運總督、河道總督無地方責，授銜視巡撫，漕運總督的官銜被定格在了從二品之上。
實際上在通常的人事任免中，“九品十八階”定格的總督均為正二品官職，加之康熙三十一年（1692）定總督加銜制后，漕運總督也與地方總督一樣，可以通過兼兵部尚書等銜，高配至從一品。漕運總督在清朝，依然是直接對皇帝負責，并可專折進行奏事。
總督雖始于前明，但是到了清朝中后期，總督在地方上對軍權的掌控遠遠大于之前。而作為有功的大員，軍機處會在每年只以一、二品大臣，且年滿六十歲以上者，開單請旨，賜“紫禁城騎馬”，通常都會得到皇帝的恩準，而漕運總督中就有不少人得到這樣一個莫大的榮譽。
從順治二年（1645）起，新設的淮揚總督兼任漕運總督，而此后貫穿整個清朝時期。“淮揚總督”和“漕運總督”的官名開始混用，并頻繁的出現(xiàn)在各個時期的奏章、書籍、文檔之中�；蛟S是因為其執(zhí)掌淮揚地區(qū)重要的軍政大權以及漕政，以至于被相互串用。也就在當年，鳳陽巡撫由原宿遷兵備道趙福星以都察院右僉都御史任，并兼理軍務。
清末朝廷政務處在與吏部商議準備裁撤漕運總督之時，就曾提到：“漕督之設，原不專為治漕。”淮揚總督是清初設置的一個總督官銜，只不過清初總督地方的職責排在了漕務前面罷了，“總督淮揚等處地方，提督漕運，海防軍務，兼理糧餉”的全稱卻幾乎沒變化過。當然在順治六年（1649）到十七年（1660）間，兼任鳳陽巡撫時有所變化而已，即為“總督漕運、巡撫鳳陽、淮安、揚州、廬州并徐、滁、和府州地方，理海防軍務，兼理糧餉”。
順治十七年（1660）二月，漕運總督蔡士英奏言：“國初，設總督一員駐淮安，鳳陽巡撫一員駐泰州；自順治六年（1667）巡撫標兵調(diào)入粵西，遂撤鳳撫，歸并漕督，漕務海防，勢難兼理，請仍照初制專官分任�！贝撕�，在廷議通過之后，鳳陽巡撫遂不再由漕運總督兼任，改為單獨設立。
而到了康熙四年（1665）五月，朝廷對已經(jīng)獨立的鳳陽巡撫徹底裁撤。而就在當年的十月，原鳳陽巡撫所轄的鳳陽、廬州二府與滁、和二州，改由安徽巡撫管轄�；窗埠蛽P州二府以及徐州改由江寧巡撫管轄。這也確定清初所設立的江南省到此時開始分治的局面。即使漕運總督在清朝更多的時候不再兼任鳳陽巡撫，但是他所擁有的提督軍務和對淮揚地區(qū)的一些總督管轄權，并沒有怎么削弱。
從馬背上贏得天下的滿清王朝，一邊在任用漢族官員恢復朝政，一邊又顧慮到某些大政交于漢族官員管理的可靠性。如此的信任危機，導致在順治四年（1647），朝廷派出了一員滿族侍郎，連同漕運總督一起負責漕運政務，名為總理。這有點像元朝入主中原之時，在各級官員之上還設立一名“達魯花赤”，用來監(jiān)督漢人官員的工作一樣。
對于一個少數(shù)民族政權來說，這是在占領以多數(shù)人口為主的漢民族地區(qū)之后，對地方掌握漢族官員的一種監(jiān)視。而對于當時的全國各級政府來說，這種做法確實具有強烈的民族不平等色彩。
順治十七年（1660），漕運總督不再兼任鳳陽巡撫，專管漕運。而設立十余年的滿族漕運總理也被隨即撤回，理刑刑部（漕運刑部分司）主事亦被裁去，惟漕儲道至康熙四年（1665）始裁。
而在有漕糧征收省份設置的督糧道、監(jiān)兌、押運等官職，漕船廠、糧倉等單位也依然歸漕運總督節(jié)制。總督主要去執(zhí)掌僉選運弁、修造漕船、派撥全單、兌運開幫、過淮盤掣、催趲重運、查驗回空、核勘漂流、督催漕欠等政務，其中發(fā)現(xiàn)任何重要情況，需立即稟報朝廷。在當時，江蘇、浙江、山東、河南、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省文武官吏經(jīng)理漕務者均屬漕運總督管理。
糧道是在有漕糧的省份設立的，河南則以開歸鹽驛道兼理。糧道掌通省糧儲，統(tǒng)轄有司軍衛(wèi)，它會謹慎的去選擇和委派領運隨幫各官，責令各府軍官會同運弁、僉選運軍。而且還必須親自督糧到淮安，不得委派副職軍官代押。如有軍需緊要事件，就必須詳細奏明地方督撫以及漕運總督，之后才能安排其他人代行他的職務。
雍正七年（1729），朝廷專門派遣了兩名官員前往淮安負責漕運的稽查工作，以防止各級漕運官員發(fā)生腐敗和不作為的現(xiàn)象。當年，朝廷又設立了北漕巡漕御史兩名，負責北方漕運工作的巡查。三年之后，南漕駐淮安的巡漕御史僅保留一名，另外一名移駐至山東濟寧。巡漕御史官銜品級實際并不高，但是他所具有的監(jiān)察權力極大，可專折密奏，而且也只對皇帝本人負責，并且具備彈劾漕運總督的權限。
一直到康熙二十一年（1682），朝廷規(guī)定每年在漕船經(jīng)過淮安之時，漕運總督必須隨船北上前往京城述職，并在沿途視察運道、漕運的相關狀況，便于掌控、調(diào)度全局。而后返回淮安，即著手辦理下年的漕糧征收等諸多事宜。
當然在漕運總督總攬漕運全局外，還有河道總督一并協(xié)助并參與其工作。河道總督的主要工作便是負責運河等河道的疏浚、河岸堤壩的穩(wěn)固以及河患的治理。除此之外，漕運總督麾下還有總督漕運部院軍門以及各營。自咸豐十年（1860)起，又被授節(jié)制江北諸鎮(zhèn)、諸道。
雖然在順治十七年（1660）后，漕運總督不再兼任巡撫，但其提督的軍權實際并沒有過分削減。
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